Помогите разобраться с НДС

Если Вы освобождены от уплаты НДС ( упрощенный режим налогообложения, уведомление по ст. 145 НК РФ об освобождении или по иным основаниям) , то Вы не указываете ни в договоре, ни в платежных документах о применении НДС и увеличении стоимости Ваших работ, услуг, товаров на его величину.
Если Вы освобождены от уплаты НДС, то Вы не платите его и тем более за других лиц, как допустим за Ваших заказчиков.
Даже если в договоре и счете Вы указали платеж без НДС и Вас обяжут его платить налоговые органы, то это никак не влияет на то что за Вас его кто-то обязан платить.
Тут скорее всего вопрос у бухгалтера заказчика в том, что они без указания Вами НДС в счете и договоре, не смогут использовать платеж для уменьшения размера своего платежа НДС по общему итогу.

Всё копейки.
Вам надо было при заключении договора поставить Вашу цену и на неё они бы начислили свой НДС, а теперь вроде как подразумевается, что НДС уже начислен и из общей суммы отнимут 18% и Вы их недополучите. С такой малой суммой, зачем делать договор вообще? От них к Вам письмо-факс с просьбой провести работу, Вы им счёт одной строчкой, тк Вы ИП никакого ндс-а, они Вам оплачивают, Вы делаете работу по акту сдаёте - выдаёте им счёт-фактуру на сумму работ и Вашу справочку, что ндс с Вас не берётся и ладушки. На сумму в сотни тысяч пишите договор. А можно и так как я Вам написал - проще.