Nikon D3100 не фокусируется на объектах, которые очень близко к объективу, ни вручную, ни автоматически. Как настроить?

Купить макро объектив.
Гугли МДФ.

Вариант 1. Купить объектив с возможно меньшим МДФ (макрообъектив).
Вариант 2. Купить макрокольца.
Вариант 3. Купить макролинзы.

....если у вас китовый объектив 18-55 то у него минимальное расстояние фокусировки 28см... для макро нужна специальная насадка или другой объектив..

У КАЖДОГО объектива имеется параметр - МИНИМАЛЬНАЯ ДИСТАНЦИЯ ФОКУСИРОВКИ. Обычно она указана в ТХ объектива.
Объектив ни за какие коврижки не станет фокусироваться на объекте, находящемся ближе этого расстояния.
Например, для объектива Nikkor 18-55mm VR это 0,28 м.

объектив не может сфокусироваться на объекте находящемся ближе его минимальной дистанции фокусировки (МДФ), которая обязательно указывается в его характеристиках. Исправить можно только покупкой объектива с мЕньшей МДФ или макрокольцами

постепенно приближать

Кроме прочего объектив имеет такую характеристику, как минимальная дистанция фокусировки (МДФ), которая не позволяет сфокусироваться ближе этого значения.
Настройке не поддаётся. Можно только понемногу отдаляться от снимаемого объекта, поймав момент, когда фокусировка возможна (в объективе моргнёт красная точка фокусировки и прозвучит сигнал, если он включён).

Прикупи макрокольца, на никон их полно. В комплекте три разной величины, которые в свою очередь позволяют комбинировать их между собой в разных вариантах, от каждой по отдельности, до всех вместе.
Не то, чтоб они позволили превратить обычный объектив в макро, но минимальную дистанцию фокусировки сократят значительно и позволят снимать крупный план. Автоматика поддерживается.
https://pixel24.ru/catalog/view/id/26031/from/google?utm_source=google&utm_medium=cpc&utm_campaign=622115020&utm_content=96936444446&gclid=CjwKCAjwm_P5BRAhEiwAwRzSO3GM8o5w7ByjaGqwfXTEO_iC_xpSmaL7vqQMplFGnjraYn2SXHR3PhoC-jYQAvD_BwE
Ищи такие же но под байонет Nikon F - эти я привёл в качестве примера, чтоб иметь представление.