дефрагментация. а почему, собственно, появляются эти фрагменты?

1. Представь, что ты торгуешь цветами в цветочном павильоне.

2. Ты пришла с утра, сначала вдоль стены поставила в ряд одни букеты роз, потом вслед за ними одни букеты хризантем, потом вслед за ними букеты тюльпанов. Вся стена заставлена.

3. Прибежали мужики перед 8-м марта и начали у тебя покупать цветы вперемешку: кто-то купил пару букетов роз, кто-то хризантем, кто-то несколько букетов тюльпанов. В результати ряды цветов порядели и вдоль стены образовались незанятые пространства.

4. Вдруг в обед тебе из аранжереи подвозят свежих цветов опять несколько букетов одного вида, например гвоздики. Тебе их также надо поставить вдоль стены, но из свободного места остались только "дырки" от проданных букетов. Очередь мужиков стоит, цветы уже аккуратно расставлять некогда и ты просто берёшь букеты гвоздик и ставишь их в эти пустые места.

5. В результате получилось, что букеты цветов одного вида теперь стоят не по-порядку вдоль стены, а в перемешку. Но это не мешает тебе отличить розы от хризантем, тюльпанов и гвоздик.

Вот тебе и дефрагментация :)

любая прога записывается на диск с времеными файлами, которые потом удаляются и остаются "дыры" в блоке. Затем в эти дыры записываются части другой программы и т. д. и т. п.

Потому что так устроена файловая система.

из-за разницы в размера.

Фрагмнентация - эффект, возникающий в процессе активной работы с файлами (создание, удаление, перемещение, изменение размеров) и выражающийся в отсутствии на жёстком диске достаточного количества последовательных свободных блоков. На фрагментированном диске свободные блоки разбросаны по всей поверхности диска, и при дальнейшей работе с диском, это приводит к фрагментации данных.