чем отличаются фаил msi от exe

Лучше EXE, тк он может быть запущен независимо от наличия установленного сервиса

PS: "EXE" это не совсем правильно, тк подобный файл может иметь любое расширение, либо не иметь его вообще, главное чтобы данный файл имел внутреннюю структуру PE (Portable Executable). Только в случае несоответствия с расширением EXE, запуск такого файла из Проводника невозможен.

exe сам по себе исполняемый файл, а msi требует сервиса инсталлятора
http://ru.wikipedia.org/wiki/Установщик_Windows

Файл .msi представляет собой составной документ OLE (OLE compound document — в том же формате-контейнере хранятся документы Microsoft Word, Excel и т. д.) , в котором содержится небольшая реляционная база данных — набор из нескольких десятков взаимосвязанных таблиц, содержащих различную информацию о продукте и процессе установки. При этом все строковые данные в базе хранятся вместе в отдельном потоке документа, а в таблицах базы на них имеются ссылки; таким образом избегают дублирования строк, что значительно уменьшает размер базы.
Кроме базы, структура файла .msi предусматривает помещение туда пользовательских сценариев и вспомогательных DLL, если таковые требуются для установки, а также самих устанавливаемых файлов, запакованных в формате .cab. Файлы можно размещать и отдельно от пакета, в запакованном или распакованном виде (с сохранением структуры каталогов) .

ps: "и что из них лутьше"
ЛУЧШЕ. . зависит от целей. с msi меньше проблем с откатом, а в случае exe - зависит какую программу для создания установщика использовали авторы программы.