как полностью очистить диск с системой, не трогая систему???

Есть софт это облегчающий, но сейчас не помню. То ли Glary Utilities то ли нео утилиты кое что могут.
Но всегда руками чищу.
А софтом до чищаю.

Сначала в винде деинсталировать все лишние программы. Потом руками вычистить их папки если останутся.
Почистить документы. или вообще перенести нужные в другое место и грохнуть все в папке. Там мусор сам копится.
Вычистить реестр.
Снести лишние папки ( не системные) в корне диска. Системные это сама винда Папка программ, профилей и восстановления системы не считая корзины. Файлы в корне не трогать если не знаете !
Просмотреть содержимое папки C:\Program Files и удалить там то, что вы знаете ( там есть и от системы) , что ставили сами) .

А на будущее взять правило, не давать инсталяторам ставить туда игрушки, завести отдельную папку. Можно и разбить по категориям софт, тогда его ставить всегда в папку по имени категрии пусть и в той же папке программ. Будете знать, что вы ставили. а что винде надо. Иначе грязь там копится.
Затем в C:\Documents and Settings где хранятся профили найти все какие есть и просмотрев каждый, вычистить в нем лишнее. Документы например свои и чужие :)
Там же темповое есть. Все темповое на мыло.
Вычистить темповые папки интернета, кэш оперы ( может быть в самой опере ив профиле) , темпы винды. итд.
Можно саму винду почистить но это надо уметь.

Вот папку C:\WINDOWS\Prefetch можете чистить смело. Она все равно сама наполнится . Служит для ускорения запуска некоторых приложений. Винда сама туда пишет. И напишет по чистенькому при перезагрузке.
Можно деинсталировать ненужные компоненты винды. ( потом нужное всегда можно вернуть)

Если инфа не нужна, пароли сохраненные тоже ну итп, то можно грохнуть свой профиль совсем. Создав новый и зайдя через него, старый удалить.
Лишние профили удалить сначала отключив их например через управление пользователями или управление компьютером.
Тот под которым все делаете удалить не даст. А прочие легко. Кстати если удалите рабочий ( включенный) его создаст при попытке входа заново, чистый. Некоторые так и чистят.
В профиле мусора много. Бывает десятки гигабайт.

Зы
Ясно что чистить из под администратора. Включив отображение всего, что можно и нельзя. Но чистить аккуратно.

удалить все, кроме системных папок

те что системние папки то они не удалятса!