у меня 2 локальных дисках и на обоих есть windows, как удалить один удалить, а другой оставить?

Форматни диск на котором находится не нужная винда
При этом не забуть нужные на нём файлы кудато скопировать. (другой диск, флешка, диск...)

Андрея Иванова не слушай. Винда может позволить удалить до половины файлов из своего каталога, и будет продолжать работать до 1-ой перезагрузки. А потом не заведется вообще. Поэтому не глядя удалять нельзя.

Если у тебя ХР, и при этом при загрузке появляется меню из 2 пунктов типа
"Microsoft Windows XP Professional RU", то сделай так.
Загрузись с одного из них, найди на диске С файл boot.ini, он скрытый (hide) и системный (system), и загляни внутрь. Там ты найдешь примерно следующее:

[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional RU" /noexecute=optin /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional RU" /noexecute=optin /fastdetect

Обрати внимание на partition(1) и partition(2) - это значит, что верхняя строчка грузится с диска С, а нижняя с диска D. В строке default написано, что по умолчанию грузится винда с диска С.
Тебе, очевидно, она и нужна. Если ты с нее и загружен, то порсто открой диск D, спиши с него все важное и отформатируй, как тебе тут не раз уже посоветовали. Если же тебе почему-то нужна система на D, а ты загрузился с верхней строчки, то есть с С, тогда перезагрузись и выбери нижнюю. Только вот отформатировать диск С тебе скорее всего винда не даст, поэтому папку Windows с нее придется просто стереть.

После того, как ты избавился от ненужной системы, нужно отредактировать и тот файл boot.ini, с которого все началось. Измени его атрибуты, что бы он не был скрытым и сустемным, открой блокнотом и сотри ненужную строчку, а так же установи в строке default тоже, что в этой единственной строчке. Должно стать так:

[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional RU" /noexecute=optin /fastdetect

После этого сохрани файл и верни ему атрибуты скрытый и системный.

В Висте и 7 все это делается несколько сложнее, там файла нет, но есть программа управления загрузкой.

Удаляй сразу всю папку Windows, если она удалится без возражений, то значит всё правильно, если выскочит окно, что нельзя, системные файлы, то это рабочая ОС её удалять нельзя ...

Нужно по поднобрее написать, что это за системы? Они одинаковые? При загрузке компа выходит меню, с какой винды грузится? Или одна ХР а другая типо семерка или виста? Если они друг друга не видят (через загрузчик) то тупо удали соответствующие папки или отформатируй диск с ненужной осью. В противном случае не всё так просто

определи на каком винте тебе нужно оставить винду
загрузка с какого винта определяется в БИОСЕ
второй можешь переразделить или отформатировать как нужно...

Знаете, есть старый анекдот:
Звонит пользователь в техподдержку.
П. : знаете, у меня компьютер перестал грузиться.
ТП. : а что Вы делали?
П. : ну смотрю у меня слева диск С и справа диск С. Ну я и подумал, зачем мне два диска С? Я взял и отформатировал... .