какие основные отличия Java от C# (c С# я знаком)

в java нет размерных типов, лямбда-выражений, свойств, событий, методов расширения, не поддерживается обобщённое программирование на уровне байт-кода, нет поддержки языков с динамической типизацией, частично реализованных методов и типов, плохо поддерживается небезопасный код. есть анонимные типы в качестве замены стратегий/замыканий.
по поводу интерпретации: под обе платформы есть jit-компиляторы, так что код не интерпретируется, а компилируется в нативный непосредственно перед исполнением.
по поводу кроссплатформенности: код c# работает не только по windows, но также под linux, mac os, android, xbox, ios, windows embedded (т. е. mobile, phone, zune) и некоторые другие платформы без перекомпиляции. реализации .net стандартизованы международным комитетом.

To dot-dot-dot:
> Java работает как интерпритатор
Неправда ваша -- исходный код Java (файлы .java) компилируются в байт-код (файлы .class).

Первое и одно из главных отличий это CLR - Common Language Runtime у .NET
Т. е. под NET можно писать практически на любом языке программирования, для которых она реализована, в отл. от Java, где есть только она сама.

Java работает как интерпритатор, NET как компилятор в промежуточный MSIL (Microsoft Intermediate Language) код, благодаря чему есть теоретическая кроссплатформенность и аппаратная независимость. Затем MSIL уже преобразуется в нативный код для конкретного "железа".

У Net огромная библиотека встроенных классов FCL и серьёзная интеграция с WMI н-р.

Программы, написанные под виндой могут использовать небезопасный код, выходя за рамки ограничений NET, получая доступ к WinAPI

Ну это основные моменты.

p.s: по поводу только Microsoft это не совсем так - есть Mono под Linux. Н-р мы сейчас пишем на C# и NET/Mono кроссплатформенное приложение - Windows/Linux

Си-шарп работает только под микрософтом, а джава - под чем угодно.

Java можно написать на C#, а C# на Java нет. :)