Что может сделать сайту полезного и плохого файл .htaccess ?

.htaccess - это файл который позволяет более тонко настроить Апачи. Так же этот файл нужен тем, кто юзает хостинг, и доступа с httpd.conf нету.
В кривых руках сайт можешь хорошо подпортить.
Вот основные его возможности:
* - открыть или закрыть доступ к каталогам без индексного файла;
* - запаролить директорию - ограничить доступ по логину - паролю (htpasswd);
* - закрыть внешние ссылки (с других сайтов) на архивы;
* - запретить доступ к файлам определенного формата, или доступ к сайту в определенный промежуток времени;
* - запретить - открыть доступ с определенных (айпи) IP адресов;
* - сменить или добавить еще несколько новых названий индексного файла;
* - включить по мере необходимости проверку в страницах определенного формата - типа на наличии SSI, Perl, PHP и др. включений - директив;
* - сделать редиректы (Redirect) - пересылку пользователя с одних адресов на другие - перенаправления пользователя на другую страницу;
* - скрыть структуру каталогов сайта отображающеюся в адресной сроке браузера, или возможно сделать её более простой и наглядной для конечного пользователя (mod_Rewrite);
* - управлять роботами - ботами поисковых систем на сайте;
* - безболезненно и незаметно перенести сайт на новый домен - смена домена;
* - использовать свои собственные общие страницы ошибок, например, как-то наиболее часто используемые -
* 401 Authorization Required - Требуется авторизация
* 403 Forbidden - Доступ запрещен
* 404 Not Found - Документ не найден
* 500 Internal Server Error - Ошибка в работе сервера
при необходимости сменить кодировку страниц отправляемых веб сервером посетителям;
запретить или нужным образом настроить кэширование веб сервера;
правильно с минимальными потерями сменить имя домен сайта;
обучить веб сервер понимать дополнительные нужные Вам форматы (типы) файлов.

Плохого сам файл ничего сделать не может, только его криворукий автор, который сам же себе закроет доступ к сайту :)

А полезного может сделать очень много. Например отсечь лишних поисковых ботов, ограничить доступ куда не надо, сделать редиректы в случае изменения структуры сайта, сделать нормальные url'ы.. . в общем возможностей у него очень много.