Как в InDesign экспортировать PDF без потери качества!!!

При экспорте в PDF выбери нужный Setting, например Prepress или "как в документе".
И еще, не зная таких элементарный вещей называть себя так громко неуместно )))) ИМХО

Судя по построению фразы, Вы собрались pdf запихивать в ИнДизайн, что было бы ошибкой. Тем более что обычно делается наоборот.
К вопросу о квадратиках: В индизе линки обычно по умолчанию выглядят "битыми" - с разрешением 72, дабы облегчить вес файла. На самом деле с ними все в порядке. Если она адекватно сделаны и правильно подлинкованы.

Мануал здесь:
http://help.adobe.com/ru_RU/indesign/cs/using/WSa285fff53dea4f8617383751001ea8cb3f-7057a.html

маштаб измени на 100% и все будет ок

В дополнение к TATIS

View -> Display Performance -> High Quality Display (Alt+Ctrl+H) - и вполне возможно будет вам счастье. Но учтите что отображение макета в таком режиме требует использование больших графических ресурсов компа, чем в других режимах. Так что возможно у вас при перемещении объектов по макету и прокрутке по страницам всё будет подтормаживать.
Хотя на самом деле линки чего-либо в ИнДез в конечном итоге остаются линками и тут уж вам выбирать как вы их хотите видеть на экране. Красиво, но медленно. Либо некрасиво, но быстро. Суть от этого не меняется абсолютно :)

С другой стороны ваш вопрос и дальнейшее описание вопроса конфликтуют друг сдругом. Так что даже не совсем понятно вы экспортируете из ИнДеза в PDF или импортируете PDF в ИнДез?? ? Из вашего вопроса и описания вытекают обе ситуации :)

Если экспортируете в ПДФ, то вам ответил Акимов Глеб

А они и так не ЭКСпортируются, а ИМпортируются, и даже не ИМпортируются, а прилинковываются без потери качества. Вы — полный осел. Обратитесь к специалисту.