как удалить все файлы во всех подпапках, оставив только файлы с расширением .pas

Если не обязательно делать это через командную строку, то Total Commander очень удобно позволяет осуществить эту операцию:

1. заходим в корневую папку, с которо начинается чистка
2. нажимаем комбинацию клавиш Ctrl+B - появляется список всех файлов во всех папках и подпапках
3. находим 1 файл с расширением pas, ставим на него маркер выделения
4. нажатием комбинации клавиш Alt+Num+ выделяем все файлы с расширением pas
5. инвертируем выделение клавишей Num*
6. жмем Delete или Shift+Delete

в коммандной строке windows гибкости не хватает.
если стоит winrar, можно сделать

winrar a backup -r0 *.pas
copy backup.rar ё:\
del /s *.*
winrar x ё:\backup.rar
del ё:\backup.rar

или не извращаться и поставить какой-нибудь нормальный шелл, вроде win-bash

В поиске забей строку *.pas После этого сохрани их в отд. папке а остальные удали...

правым шелчком по этой папке-->Поиск/Search
вводишь .pas
искать, когда поиск закончится, выделишь все файлы и перекинешь их в отделную папку
старые папки удалишь, удачи

Можно и командой Del
Я бы проанализировал содержимое этих папок и выделил бы все виды файлов, встречающихся в них (*.pas, *.bak, *.tmp и т. п. )
Разумеется сначала нужно скопировать корневую папку.

А потом, просто копипастить

del *.tmp /s
del *.bak /s
.
.
.

Если задача не одноразовая, то можно попотеть и скрипт набросать. ;)