Java или C#

Язык выбирают под конкретную задачу.
Если в конкретной программе нужно быстродействие - то пишите ее на C#.
Если кроссплатформенность - на Java.

Хотя, на самом деле, Java не так уж и кроссплатформенна, особенно если говорить о коммерческой разработке.
Java компилируется не в платформозависимый формат (вроде EXE на винде), а в свой формат JAR, поэтому 1 и тот же исполняемый файл можно запустить и на Win и на Linux.
Но вот на Android - на той же Java уже нужно писать отдельное приложение. На iOS и Mac - джавы, видимо, вообще практически не существует.
И что в остатке? Только Linux, который в коммерческой разработке почти никому не нужен...

К тому же, тормозная Java - далеко не единственный кроссплатформенный ЯП.
Еще ведь есть Python (опять же де-факто использующий свой формат исполняемого файла), библиотека Qt для C++, PureBasic...

В общем, лучше знать как можно больше языков. Только тогда вы сможете сами их все сравнить и выбирать лучший из них для каждой поставленной задачи.

Технологии развиваются параллельно и имеют схожие возможности. Плюс джавы - кросплатформенность, Плюс шарпа - более развитый язык. Лучше то что больше нравится)
C# - это для Windows.
Java - это для Android+Linux.
C# не заменит Java и наоборот.

C#, потому что не такой отстающий.

c#
java тормозная

C# начни с него, а лучше с С++

QT - посмотри, к тому же он кросплатформенный в отличии от C#
http://habrahabr.ru/post/50765/
Java или C# ни то ни другое