Диск С или Д... Дилема

Всё приходит с опытом. Универсальных решений под одну гребенку нет. Полезно вообще сначала всё проверять на виртуальных машинах, особенно где можно делать снимки состояния системы и быстро их возвращать =)

Ну н-р. в противовес. Реальная история. Винда + Oracle. Куча одинаковых серваков с одинаковой виндой, но содержимое БД на серваках разное.
Логично-же поставить систему на C: а весь Oracle с базой на D: ну и там индексы и т. д. распределить. Не суть.
Лучше иметь "универсальный" образ на случай восстановления диска C: не затрагивая D:, чем на каждый одинаковый сервак свой образ. Тем более если в образ вносятся коррективы (обновления винды, доп софт и т. д.)

Иногда могут выручать symlink
https://ru.wikipedia.org/wiki/Символическая_ссылка

Меньше читай ламерских статей. Диск D ничем не лучше - в том случае, если это раздел на том же физическом диске, или если D - такой же диск, как и C.

Но, например, С может быть SSD, а D - зеркало из двух HDD (или, например, RAID 6 из пяти HDD). И в этом случае ДАННЫЕ имеет смысл хранить на D - по причине меньшей вероятности их потерять. Но программы всё равно останутся на C - т. к. ничего не мешает переустановить их при возникновении проблем, а запускаться с SSD они будут многократно быстрее.

И, кстати, в случае сервера данные (и только данные) тоже имеет смысл хранить на физически отдельном D: система постоянно пишет/читает служебную информацию, что создаёт дополнительную нагрузку на C.