Еду в Берлин на 2 недели. По работе, но будет и свободное время.

В Берлине цены кусаются, и проезд в автобусах и т. д. , думаю тоже дорого обойдётся. Советую всё-таки арендовать авто, по городам можете поездить в свободное время, тем более они находятся очень близко друг от друга. Арендовать авто можете в аэропорту, а лучше заранее забронируйте онлайн. Проверенная компания Еавтопрокат http://www.eavtoprokat.ru/prokat-avto/germany отличный вариант.

на метро (S-бан, U-бан) , такси. В Берлине, как и во всех других европейских городах сложная и запутанная для иностранца система парковок и их оплаты. Брать в городе машину, не зная его - потом разоришься на штрафах, которые будут приходить за неправильную, как окажется, парковку

Купите себе недельный проездной за 30 евро и ездите сколько хотите.

однозначно общественный транспорт, он очень удобен для перемещений. На машине вечная головная боль с парковкой, выигрыша по времени почти никакого. Машина удобна для перемещений между городами.

Метро и автобусы!
Схема метро, на первый взгляд, запутана, но если немного разобраться то она почти как в Москве - то же кольцо (только их несколько линий идущих параллельно) и те же радиальные и не очень линии.
Покупаете с утра "суточный" билет и катаетесь до. . (сейчас точно не помню - то ли 3х ночи то ли 4х утра - это у них как рубеж перехода с одних суток на другие)
На авто у них ездить неудобно, без опыта - полосы узкие, светофоры и схему движения надо знать. . плюс парковки и бензин. . Дорого и неудобно!
Автобусы у них ходят строго по расписанию - часы можно проверять! Но если вы в назначенную минуту не стоите, а сидите на остановке, то водила запросто может проехать мимо не остановившись! (он будет считать что вы ждете другой автобус) поэтому в свою минуту надо стоять у столбика с номером маршрута на остановке. (опять же если вы стоите в стороне от него... )
Еще удобный вид - велосипед. И ни в коем случае не разгуливайте и не стойте на велосипедных дорожках - собьют! Да еще и права качать будут! Велодорожка там опаснее проезжей части!

Совет жительницы Берлина - покупайте недельный проездной билет за 28,80 евро и катайтесь на здоровье на всех видах транспорта - метро, городская лектричка, автобус, трамвай. Это самый выгодный вид передвижения по Берлину, где в центре нет бесплатный парковок, но даже и на платных найти свободное место проблематично. Если захотите съездить в Потсдам посмотреть а его достопримечательности (рекомендую) , то к проездному билету будет достаточно докупить т. н. Anschlüssfahrtarte за 1,60 в один конец и на обратном пути такой же билет. Если за одну неделю не посмотрет всё, что наметите, то купите опять недельный проездной. Брать машину на прокат выгодно тем, кто приезжает не в командировку, а туристом и собирается поездить по Германии.

Пробки на дорогах в Берлине никто не отменял (. Да и парковка, ладно бы платная, так еще и найти как всегда проблема (. Вон, народ прекрасно покатался на у-бане http://www.v-evropu.info/splanirovannyj-trip-v-germaniyu-berlin.html и посмотрел весь город!