Почему в кассе РЖД билеты дороже чем в турагенстве?

потому что турагенство располагает контрактом на обязательный оборот и от того и получает скидки.

Если покупаешь билета в начале продаж, за 90 дней ( что и делают турагентства) , а не за неделю, то разница в цене может доходить до 30%. Я покупала билет на сайте РЖД за 90 суток за 4.300, а сейчас, почти за месяц до поездки, он стоит 5.800

По поводу скидок, вы скорее всего, что-то не так поняли. Все цены и скидки в компьютере и выводятся из централизованной базы. От кассира тут ничего не зависит, кроме культуры обслуживания. Посредники же могут выкупать или бронировать билеты заранее, иметь скидки "за опт" и т. д. Если в кассе такие же билеты дороже, значит, РЖД стимулирует их покупку через посредников, а не напрямую, чтобы уменьшить очереди. Вместо того, чтобы нанимать в сезон дополнительный персонал и т. п.

Так везде, скупают оптом по дешёвке, дальше сами решают рвать цены или нет

У меня совсем другой опыт. Билеты в кассе редко приходится покупать, в основном сама беру онлайн, но за последние несколько лет ни разу не нахамили и не продали дороже, чем на сайте. И даже не представляю, как это возможно - база-то одна. Даже если она вам пыталась страховки какие-то втюхивать, то это явно не 7 тысяч. По турагентствам тоже сталкивалась с противоположной ситуацией: они предлагали билеты по более высокой цене, нежели на сайте ржд, поэтому брала сама.

Покупай на сайте РЖД, там дешевле и без проблем. Кассиров кормить чем то надо, вот и накручивают цены

можно и через Интернет и выбрать в приложении билеты подешевле