Почему то, что в самом центре плодов и овощей, деревьев - называется сердцевиной?

Потому что среднее ранее приравнивалось к сердцевине. То есть... внутри раскроенное... суть)
Что есть среднее - симметрия, которая считалась идеалом, сутью, как сердце - ОСНОВА всего организма, как компромисс в жизни. Полагаю, поэтому.
Хотя... насчёт основы... я бы назвала что-то, порой, мозговиной)

потому что в центре, в самом сердце

1) Слово СЕРДЦЕ – общеславянская переделка более древнего слова СЕРДО. СЕРДЦЕ – ласкательная форма со значением «сердечко» , а СЕРДО – нейтральное слово. Со временем ласкательная форма полностью вытеснила форму нейтральную – и это во всех славянских языках! Тем не менее, корень СЕРД- мы легко можем заметить и сейчас в словах СЕРДОБОЛЬНЫЙ и СЕРДИТЫЙ.
2) Слово с корнем СЕРД- и со значением «известная часть организма» образовалось на общеиндоевропейском этапе, и этот корень есть практически во всех индоевропейских ветвях. Просто он фонетически оформлен по-разному в соответствии с законами каждой отдельной ветви.
3) Этот корень был вторичным явлением, а первичным были другие значения и, идя в обратном порядке, я их сейчас перечислю:
– то, что находится в середине, внутри или в центре;
– то, что спрятано внутри, будучи защищённым от наружных воздействий;
– внутренняя часть древесного ствола, защищённая снаружи корою.
И этот последний пункт и есть первоначальное значение этого корня. Всё началось именно с него.
Корень представлен в русском языке множеством разных слов. Перечислю лишь некоторые случаи: СЕРДЦЕ, СЕРДЦЕВИНА, СЕРЕДИНА, СРЕДА, СРЕДНИЙ, СРЕДИ, СЕРЁДКА…

Все, что нас окружает- имеет свою душу, которая находится в сердце..