нужно ли с договора субаренды уплачивать налоги ИП

Если Вы платите арендную плату по договору субаренды, то у Вас эта сумма включается в затраты при обычной системе налогообложения. Вообще налоги уплачивают от доходов от деятельности, по конкретным операциям платится НДС. Вы не указали главного - Вашу систему налогообложения. Поговорите с опытным бухгалтером или юристом, очно.

Вы не сказали систему налогообложения. Если УСН 6%, то Вам в принципе не важны Ваши расходы.

Налоги платятся с дохода.

Если ИП уже открыто, то вы должны были выбрать систему налогообложения: общую и ли УСН (два варианта: доходы или доходы минус расходы).

Если вы будете получать доход от субаренды (Ваш дядя вам сдал авто в субаренду, а Вы далее сдали кому-то, кто возит груз и каким-то образом получает за это оплату), то, если дяде Вы что-то платите (существенную часть получаемого Вами дохода), Вам выгодна УСН доходы минус расходы (с разницы будете платить налог), или УСН доходы, если дядя отдал Вам машину в субаренду безвоздмездно или за мизерную оплату....

Не успели в срок выбрать систему - переход только с нового года...

Если непосредственно Вы будете оказывать услуги перевозки грузов автомобильным транспортом как ИП и получать за это оплату, то обычно в этом случае берут патент или пишут заявление о занятии видом деятельности, попадающим под обложение ЕНВД. В этом случае Вы (ИП) платите в квартал фиксированную сумму, зависящую от количества машин.

Основной "подводный камень" здесь такой: если у Вас нет наемных работников, то Вы:
- пока можете не покупать кассовый аппарат, принимая наличные расчеты, ограничившись выпиской квитанций;
- не заморачиваетесь с отчетами по пенсионным платежам за работников;
- можете весь ЕНВД льготировать, уплачивая регулярно взносы за себя в ПФРФ.
- быстро сами во всем разберетесь и бухгалтер Вам не будет нужен.

Как только наймете кого-нибудь, временные и прочие затраты резко увеличатся...

Ну и не забывайте про Платон и проч.