Почему «Япония» на русском и английском называется отлично от оригинального названия на японском?

Наверное потому, что это два разных языка... Ты бы ещё спросил, почему у нас слова отличаются друг от друга

Просто традиция, случайная. Никто никогда ни от кого не требовал точного совпадения названий на разных языках. Эту разницу можно найти для всех стран и названий.

Каждый народ приобретает в речи ту модуляцию и артикуляцию, какая обеспечивает наилучшую понятную слышимость в местах постоянного обитания, т.к. на слышимость влияет не только влажность воздуха, а и роза ветров, температура земли, тип растительности, рельеф и т.д.
Изменение произношения на свой более привычный слуху лад называется транс - скриптом.

Так почти у всех : единственно у нас бестолочи есть которые говоря на русском Белоруссию называют по- белорусски Беларусь и при этом упираются что так правильно.Так называйте Венгрию Унгрией а США ЮСА.

Во-первых, у нас недостаточно знаний о культуре Японии для того, чтобы понять оригинальный смысл фразы. Поэтому оригинальный смысл фразы доносится фразой соответствующего контекста нашей культуры. Плюс перефразировка под наш оборот речи.

Дойчланд и Германия тоже как то не совсем одиаково звыучат)
https://dzen.ru/media/canall/pochemu-nemcy-nazyvaiut-germaniiu-doichland-5cab34d748652800af3f5bc3 - здесь просто удобно расписано, в комментариях особо)
С Японией та же история. У далневосточных народов просто транскрипция звуковая - японец произнес местные озвучили как услышали в итоге в языке укоренилось иное звучание.
Вот представь - приплыл нипонец на дальний восток к рускоговорящим дикарям, освоил русскую речь худо-бедно для общения. И когда его кто спросит "ты кто?" он , естественно, отвечает "я нипон"...а в простонародной традиции принято опускать значимость чужаков - вот и естественно принебрежительное коверкание в рифму - типа нипон - нипонец, нипонец-епонец ))

ниппон

Потому что первые сведения о Японии европейцы получили в Китае:

 В ранних исторических источниках на русском языке Страна Восходящего Солнца именовалась весьма по-разному: «Ябадзия, Пантрии, Хразомагини, Ауреа Херсонесус, Зипангри, Жи Бынь, Нифон, Фино-Мотто, Син-Кокф, Эпуен, Япан…» 

Происхождение современного русского топонима «Япония» напрямую связано с «Записками Марко Поло» (как и с летописями Рашид ад-Дина). Наименование «Жибэнь-го» (китайское прочтение иероглифов 日本国, «Япония-страна», яп. Нихонкоку, Ниппон-коку) –означает «корень солнца», «истоки солнца», место, где восходит солнце (что справедливо для Китая, к востоку от которого находится Япония). Итальянская графика Марко Поло заставила изобразить топоним как «Giappan-guo», «Giappan-gu». Далее, менялось написание и звучание в тех или иных странах Европы Japon=Жапон (Франция), Japan=Джэпэн (Англия), Japan=Япан (Германия). Через Германию и Польшу, слово пришло и в Россию, прозвучав у нас как Япан, Япон, Апон и т.п. С учётом появления в России впоследствии и исконных японцев, в русском языке с весьма раннего времени всё-таки имелась некоторая приближённость к японскому звучанию – Нифон, Никанское, Апонское царство и т.п. 

(Филиппов А.В. Введение в специальность: история Японии (Учебно-методическое пособие). СПб.: ЛЕМА, 2018. – 122 с.)