Может ли быть отказ в получении заграничного паспорта?

Как я понимаю, наказание отбыто. Отказа быть не может.
Статья 15 пункт 4 Закона «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» гласит Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он: осужден за совершение преступления, - до отбытия (исполнения) наказания или до освобождения от наказания.
Ни о каком погашении судимости в Законе речь не идет.
Это первое.
Второе, если все-таки откажут, необходимо обратиться с жалобой к начальнику сотрудника, который не принял документы. Этого, думаю, будет достаточно.
Третье. Эту информацию Вы можете не принимать на 100 %, а предварительно проконсультироваться с профессиональными юристами (это если Вам вдруг откажут) .
И далее: с подобной ситуацией мне пришлось столкнуться на практике (работаю в структуре, близкой к ФМС) . Знакомому, который был осужден на 2 года и освободился, действительно отказали в оформлении загранпаспорта и выдали (без суда и адвокатов) только после ссылки на Закон и обращение к вышестоящему начальству (хотя первоначально тоже о каком-то погашении талдычили) , но на вопрос: где это написано? Ответить ничего не могли.
Так что еще многие умники читают и понимают Законы как им вздумается, в том числе и на форумах (и советы дают иногда, как Бог на душу положит) . Если в одной области они спецы (надеюсь) , считают себя доками во всем и вся.
Еще повторюсь, всю информацию можете перепроверить и уточнить.
Надеюсь, проблем у Вас не будет с оформлением. Всего.

Если судимость погашена, оснований доля отказа нет.

Конечно, может быть отказ.

Его по проверкам завернут Распологает он по статьям и тд, и тп.

Основания для отказа в выдаче загранпаспорта

Для совершеннолетних граждан:

# допуск к гостайне
# призыв на военную службу или направление на альтернативную гражданскую службу, - до окончания военной службы или альтернативной гражданской службы;
# задержание по подозрению в совершении преступления либо привлечение в качестве обвиняемого - до вынесения решения по делу или вступления в законную силу приговора суда;
# наличие неснятой судимости за совершение преступления - до отбытия (исполнения) наказания или до освобождения от наказания;
# уклонение от исполнения обязательств, наложенных на него судом - до исполнения обязательств либо до достижения согласия сторонами;
# сообщение о себе заведомо ложных сведений при оформлении документов для выезда из РФ - до решения вопроса в срок не более одного месяца органом, оформляющим такие документы.

Для ребенка:

# если один из родителей (законных представителей) не согласен на выезд своего ребенка за пределы страны.

бывшим заключенным насколько я знаю виз и загрантпаспартов не выдают

откажут, я так понимаю пока что не погашена судимость. (сроки не прошли) . да и без этого могут отказать. смотря какая страна, они не очень жалуют таких приезжих ( кот. на заработки).