Имеет ли право начальник милиции отказать в выдаче временной регистрации до тех пор, пока не оплатишь штраф?

1.милиция к вопросам регистрационного учёта граждан РФ никакого отношения не имеет.
2.Регистрацию граждан РФ производит Федеральная миграционная служба, поэтому вы, вероятно имеете ввиду не "начальника местного ОМ", а начальника районного отдела ФМС.
3.отказать в регистрации НЕ ИМЕЮТ ПРАВА. отказ в регистрации является САМОУПРАВСТВОМ, и чиновников можно привлечь в том числе и к уголовной ответственности.

===Только вот очень интересный вопрос, потому как совершенно непонятно- ОТКУДА чиновникам от ФМС стало известно, что вы проживаете НЕПРЕРЫВНО И БЕЗВЫЕЗДНО в данном конкретном жилом помещении свыше 90 дней?? И КАКИМ ОБРАЗОМ они это доказали? Это же практически НЕВОЗМОЖНО!!

Согласно действующего законодательства гражданин обязан зарегистрироваться в срок до 90 дней. Но кто и как будет определять время вашего прибытия? Судя по вашему объяснению, в вашем нас. пункте существует практика фиксации прибывших граждан, т. е. хорошо построена доказательная база. Тот, кто это организовал достоин уважения, т. к. относится к делу не формально, а с душой. Если вы не согласны с решением наложенного на вас взыскания вы имеете право в 10-дневный срок обжаловать постановление о наложении взыскания с момента получения данного постановления на руки (момент вашей подписи на документе) . Рекомендую обжаловать в судебном порядке. Сумму штрафа устанавливает начальник паспортной службы (ОФМС) , но никак не начальник налоговой инспекции, милиции, пожарной части и др.. .
Если пенсионер, инвалид 1 группы является Гражданином, он обязан подчиняться действующему законодательству.

И последнее, ответ на главный вопрос.. . Начальник регистрирующего органа (в России отделение Федеральной Миграционной службы, а не Милиции) обязан организовать процесс регистрации независимо от оплаты штрафа, состояния дорожной обстановки, или личного настроения. РЕГИСТРАЦИЯ В РФ НОСИТ УВЕДОМИТЕЛЬНЫЙ, А НЕ РАЗРЕШИТЕЛЬНЫЙ ХАРАКТЕР. Руководитель может препятствовать, но вы имеете полное право обратиться в прокуратуру, или при наличии достаточных оснований (свидетели, видеозапись и др) в суд с жалобой на незаконные действия. Если вы правы, то не бойтесь отстаивать свои права. Уважайте себя!