Может ли хозяин квартиры отказать в регистрации?

По истечении 90 дней с дня проживания в этом жилом помещении, если Вы не обратитесь за регистрацией, собственника жилого помещения, предсотавившего Вам помещение для проживания, могут привлечь к административной отвтственности по ч. 2 ст. 19.15 КоП РФ.
http://www.consultant.ru/popular/koap/13_20.html#p5710
2. ..допущение гражданином проживания в занимаемом им или в принадлежащем ему на праве собственности жилом помещении лиц без регистрации по месту пребывания или по месту жительства -
влечет наложение административного штрафа в размере от двух тысяч до двух тысяч пятисот рублей.

Естественно, в этой ситуации ее отказ будет противоправным, она, наоборот, обязана содействовать Вашей регистрации в этом жилом помещеии.

Читаем Адм. регламент регистрации граждан
17. Для регистрации по месту жительства гражданин представляет лицам, ответственным за регистрацию:

документ, удостоверяющий личность;

заявление о регистрации по месту жительства по форме N 6 (приложение N 6 к Регламенту) ;

документ, являющийся основанием для вселения в жилое помещение (заявление лица (лиц) , предоставившего гражданину жилое помещение, договор, свидетельство о государственной регистрации права (права собственности на жилое помещение) , решение суда о признании права пользования жилым помещением либо иной документ или его надлежащим образом заверенная копия, подтверждающие наличие права пользования жилым помещением) . Для регистрации достаточно представления одного из перечисленных документов.

и вперед за регистрацией
http://www.rg.ru/2008/01/23/fms-reglament-dok.html/

Напишите заявление в милицию и прокуратуру. И Вас, и хозяйку оштрафуют на 2500 руб. каждого.

имеет, если она собственник