мне с детьми надо прописаться в другое место,в паспортном столе требуют согласия их отца и его присутствия.

Я уже много раз писала, что Согласно ст. 70 ч. 1 Жилищного кодекса РФ на вселение к родителям их несовершеннолетних детей не требуется согласие остальных членов семьи нанимателя и согласие наймодателя.
Ни один из нормативно-правовых актов не содержит требования, что второй родитель должен обязательно присутствовать при подаче документов или же писать свое согласие в письменном виде.
Еще раз. В соответствии с действующим законодательством РФ, для регистрации несовершеннолетних по месту жительства отца (записанного в свидетельстве о рождении ребенка ) или матери (если родители зарегистрированы по разным адресам или в разводе, не требуется обязательного представления письменного согласия от второго родителя, что он не возражает против регистрации ребенка, не требуется обязательного присутствия второго родителя при подаче документов на регистрацию ребенка по месту жительства или пребывания) , не требуется согласия третьих лиц и достаточно представить в паспортную службу свидетельство о рождении ребенка и паспорт одного из родителей + св-во о расторжениии брака.
Важно обратить внимание, что это правило распространяется и на жилые помещения, находящиеся в собственности третьих лиц (не родителей ребенка ), если родители зарегистрированы в таком помещении, ребенок регистрируется по месту жительства родителей (одного из родителей) без согласия собственника помещения. Но в тоже время, ребенок может проживать совместно и как следствие проживания, быть зарегистрирован только по месту жительства родителей, или законных опекунов, а не других родственников, в т. ч. бабушек и дедушек.
Требование согласия бывшего мужа (отца детей) и тем более его присутствие незаконно ...если дети несовершенолетние, они регистрируются вместе с Вами, с матерью, к матери.

Алименты получаешь? туды и пиши, если нет, лиши отцовства.

Обратитесь не посредственно в структурное подразделение ФМС по месту будущей регистрации (старое название ПВС) , т. к. учетно-регистрационные отделы (старое название паспортный стол) не имеют право проставлять отметки о регистрации и снятия с рег. учета, они осуществляют первичный прием и обработку документов для передачи в ФМС.
В ФМС обратитесь к инспектору по постановки на рег учет и снятия с рег. учета граждан РФ. Объясните всю ситуацию, и последнее официальное его место жительства, я так думаю что они вам помогут.