Вопрос внутри.

Читаем Административный регламент Федеральной миграционной службы по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене и по исполнению государственной функции по учету паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации:

46.4. На странице третьей записи в реквизитах "Фамилия", "Имя", "Отчество" располагаются по центру соответствующих строк.
В случае предоставления гражданином в качестве основания для выдачи или замены паспорта документов, в которых отсутствуют сведения об его фамилии, реквизит "Фамилия" может быть заполнен на основании документов, содержащих сведения о фамилии родителей заявителя. При разных фамилиях родителей заявителя реквизит "Фамилия" может быть заполнен на основании выбора заявителем одной из родительских фамилий.
В случае предоставления гражданином в качестве основания для выдачи или замены паспорта документов, в которых отсутствуют сведения об его отчестве, реквизит "Отчество" может быть заполнен на основании документов, содержащих сведения об имени отца заявителя.
В случае предоставления гражданином в качестве основания для выдачи или замены паспорта документов, в которых отсутствуют сведения об его отчестве, а также при отсутствии документов, содержащих сведения об имени отца заявителя, реквизит "Отчество" не заполняется.
В случае разночтений записей, произведенных в свидетельстве о рождении, паспорте, подлежащем замене, или национальных документах, удостоверяющих личность, в оформляемом паспорте записи в реквизитах "Фамилия", "Имя", "Отчество" производятся в соответствии с записями, произведенными в свидетельстве о рождении.

Есть такие свидетельства о рождении, в которых отчество ребенка не написано, поэтому в паспорте оно также отсутствует

Лично у нас РФ - всегда пишется отчество.

даже если у ребенка нет отца.. . вообще. . присваивается фамилия и отчество - матери.

Это зависит от того, как они заполняли документы при получении паспорта. Надо обращаться в УФМС для внесения исправлений либо, если никаких данных об отчестве нет, то в ЗАГС и в суд.