Моему сыну исполнилось 14 лет,Надо получать паспорт.

Алгоритм прост. Запишитесь на личный прием к начальнику подразделения. Если документы в порядке, отметку о гражданстве сделают в день обращения и бесплатно. Да и с паспортом тянуть не будут. Думаю, до жалобы в прокуратуру и суда дело не дойдет. Это обычное разгильдяйство на уровне низового звена сотрудников. Начальник сам сделает им внушение. Думаю, проблема решится быстро и без особых проблем.
Если хотите, можете написать в личку.

Вы письменно обратитесь к ним- заказным письмом с уведомлением о вручении!! ! Пусть Вам письменно откажут!!!! В этом случае оштрафовать не смогут!! ! Потом жалобу в прокуратуру

Можно через суд установить факт принятия гражданства

Прежде всего-штраф светит НЕ вам, а чиновникам от ФМС за нарушение порядка оказания госуслуг-до 10 тысяч рублей.. .
Кроме того- вам вообще никакого штрафа "светить"не может, так как к административной ответственности в РФ привлекаются лица, достигшие 16 (!!) лет

Получение российского паспорта не зависит от наличия временной либо постоянной регистрации. Паспорт обязаны иметь все граждане Российской Федерации, достигшие 14-летнего возраста и проживающие на территории Российской Федерации. Для получения паспорта представляются документы, свидетельствующие о принадлежности Вашего сына к гражданству Российской Федерации, а именно, свидетельство о его рождении в РФ и Ваш российский паспорт.

идите в ФМС, а не в паспортный стол и там разговаривайте
надеюсь, что там хоть немного поумнее люди сидят

В ФМС по месту регистрации делают отметку о гражданстве.

Позвоните на горячую линию УФМС и расскажите эту историю там. Обязательно назовите имена, кто рассказал вам такие сказки.
Скорее всего вас в следующий раз будут умолять, что бы пришли и получили паспорт. )