Регистрация, иногородний студент.

Не давайте никому паспорт! Даже если ваша девушка переедет к вам, регистрация в паспорте должна оставаться. Комендант не имеет права отнимать паспорт, лишать прописки, вообще что-либо делать с паспортом чужим, это уголовно-наказуемое деяние. Обращайтесь к участковому, а то руководство вуза может покрывать своего коменданта.

1) Где это написано? Какой закон?
Это написано у вас в вопросе. В Законе написано, что граждане обязаны регистрироваться по месту жительства и месту пребывания. Раз девушка переезжает жить к вам, то у вас она и обязана зарегистрироваться.

2) Куда можно написать заявление\жалобу?
Жалобу можете подать участковому. Хотя это будет скорее явка с повинной, на основании которой участковый оформит протокол на вашу девушку за проживание без регистрации по месту жительства/пребывания, а на вас (собственника, нанимателя) за допущение проживания без регистрации по месту жительства/пребывания. После чего будет постановление о штрафе вам обоим до 2500 рублей.

"иногороднего студента ВУЗ должен поставить на учет в общежитии ВУЗа"
Не обязан! Нет такого закона.
Если человек не планирует далее проживать в общежитии и прямо об том заявляет, то есть все основания его с регистрационного учета снять. Гражданин обязан регистрироваться там, где реально проживает, и никаких исключений для студентов, в частности, не делается!
"комендант в силу личной неприязни требует регистрацию"
Не совсем понятно, что значит "требует регистрацию"? Вы имеете в виду, хочет отобрать свидетельство о регистрации? Ну и пусть хочет, а Вы не отдавайте, как он Вас заставит?

Если ваша девушка собирается жить на вашей площади более 90 суток то по Закону она обязана зарегистрироваться временно на вашей площади. Действуйте и проблема с личной неприязнью с комендантом уйдет сама.