Много лет назад при очередной замене паспорта в фамилии буква ё была заменена на е.

Вам в любом случае рано или поздно придется устанавливать факт принадлежности вам таких то документов

У меня в паспорте перепутали в названии района букву "м", с буквой "н" (в свидетельстве о рождении нечётко было написано) - когда сдавал паспорт на обмен, прикрепил бумажку с напоминанием - как правильно пишется (со ссылкой на географию). И всё прошло нормально, без всяких расспросов и прочего гемора.

При обмене паспорта- приложите свидетельство о рождении и сдавайте документы не через МФЦ, а лично в управлении по вопросам миграции, там обратите внимание на их косяк, обойдётся без судов

время есть... начните судебный процесс...

При чем здесь пенсия? у меня вместо Е когда то написали И и ничего уже на пенсии

Да, с этим будут проблемы. У нас в семье то же самое. Чтобы получить паспорт с Ё, я в свидетельстве о браке над Е поставила точки. Чтобы мужу получить внутренний паспорт РФ с Ё, он поставил в загранпаспорте Ё прямо по ламинации. Получил нормальный паспорт. Раньше на это не обращали внимание, а теперь везде компьютеры, при несоответствии Е -Ё возникают проблемы с регистрацией имущества, оформлением пенсии и т. д. Приводите все в соответствие. Паспорт можно поменять просто через ЗАГС.

Все равно ваша настоящая фамилия - как в свидетельстве о рождении. Так что совет один - менять все документы. И как это вы столько лет жили под чужой фамилией? Куда Следственный комитет смотрит?