Кто много знает про морских свинок? Важный вопрос...

Чесотка бывает ушная, головная и общая. Клещ, проделывая ходы, вызывает сильный зуд; животное начинает чесаться, иногда расчесывает себя до крови, теряет аппетит, худеет. Появляются облысевшие места, струпики, кожа утолщается, собирается в складки.
Лечение: больное или подозрительное животное изолируют, помещение тщательно дезинфицируют горячим 4-процентным раствором едкого натра. Пораженные места обрабатывают следующими средствами: 3-процентным раствором препарата СК-9, вилькинсоновой (серной) мазью; применяют также смесь 1,5-процентного раствора хлорофоса с 1-процентным раствором препарата Д-33. Обработку повторяют через 6—7 дней.
Ушную чесотку лечат четыреххлористым углеродом в смеси с касторовым маслом (на 50 г касторового масла берется 7 г четыреххлористого углерода; лучше применять хлорофос по следующей прописи: хлорофос — 1 г, спирт-ректификат 70-процентным — 100 г, масло камфорное — 100 г) . Лечение назначает ветеринарный врач.

Чаше всего это не от состава подстилки, а от её чистоты-свинки очень к этому чувствительны. Малейшая влажность подстилки и... Грибок там сразу "буйным цветом расцветает".
Удачное сочетание гранулы древесные+опилки (гранулы впитывают лучше, а опилки комфорт дают). Сено-вообще как подстилка не годится. Для того чтобы именно залечить здорово было бы сфагнум стелить какое-то время... Если сможете-просто чудесно будет.
Гиповитаминоз тоже возможен... но думаю у вас бы в первую очередь, как"положено",на шерсти бы отразилось-ветеринары не могли не заметить.
Так что в первую очередь-гигиена. А чем залечить думаю Вам врачи уже советовали.

Может чтото в клетке что может ранить его?

Если вы питомца не кормили витаминками, то в самый раз начать это делать, в зоотоварах их много продается, и на всякий случай проглистогоньте свинку.