Спецы, помогите с 3000-литровым аквариумом - покрывается илом, доxнет рыба!

Ну заочно поставить диагноз сами понимаете не возможно.
Советов тут несколько.
Первый если "спецы" не справляются поменяйте спецов . Не плохие ребята работают в АкваЛого у Сторожева и аналогичных организациях это в Москве Живая вода Питер. Но думаю можно найти и в других городах.
Второе судя по фото растения все больные тут или грунт не тот или с самой банкой проблема. Можно да и лучше задать аналогичный вопрос на тропике можете в поисковик так и вбить "тропика" а там форум. Удачи.

а как коряга на воду влияет?

Когда последний раз сифонили грунт, подменяли воду? Вижу там в тумбе вроде как на живые бактерии, они убирают органику, но нужно смотреть его по объёму... По фильтру не ясно, разьве может вот "это" прокачивать весь объём? Советую поставить несколько по максимальному объёму. Вода должна находиться в движении. Что за коряга лежит на дне? Перед погружением коряг, их нужно прокипятить несколько часов. Остатки корма не должны оставаться, они тоже хорошо портят воду, для этого заводят ампулярии, они подъедают всё что осталось.. В вашем случае, возможно, помогло бы "фальшь дно".УДАЧИ!!!

С таким объемом не сталкивалась.... но в свое время мой аквариум "вылечили" улитки.... самые обычные, но в большом количестве.

попробуйте выключить продувку
скорее есть нехватка СО2. и РН зашкаливает
а биофильтр мне понравился спсбозвнмне