С чем может быть связано отсутствие аппетита у щенка (породу не знаем, найденыш, собака крупная, возраст около 3-4 мес)?

Отсутствие аппетита у щенка - это симптом тревожный, щенок должен есть хорошо, т. к. растет. Связано может быть с чем угодно: инфекционные заболевания (могут протекать и в хронической форме, тем более, что собака уличная, следовательно, проэпидемиченная) , глистная инвазия и т. д. и т. п. Ставить диагнозы должны специально обученные люди (называются ветеринарные врачи) , после осмотра, сбора анамнеза и имея на руках результаты анализов.

С неправильным рационом и способом кормления.

Если Вы его балуете подачками с рук и со стола, может выкабениваться с едой. Так же может быть начало смены зубов, это с учетом что все прививки сделаны, глистов прогнали, и клеща он не поймал. В остальном то поведение нормальное? только есть не хочет?

Если нашли недавно, то возможен шок от привыкания к новому дому.
И лучше всего сразу к ветеринару идите. Чтоб осмотрел, сделал прививку и пр.

по поводу недомоганий я рекомендую поинтересоваться здесь

Если малыш здоровый, то надо правильно подобрать для него корм.

отравление, начало инфекционного заболевания (вирусные, бактериальные) , панкреатит, почечная или печеночная недостаточность, копростаз (запор) , гельминты, инородные тела, онкологические заболевания ЖКТ и легких, переход на новый корм.
Возможные последствия - обезвоживание, интоксикация, потеря кондиций. Что необходимо сделать - обратиться к врачу, анализ крови: общий, биохимический, анализы (на инфекции), (смывы, кал), УЗИ органов брюшной полости. Что нельзя сейчас делать - пытаться менять корм!

просто щенок ещё не привык, вот и не ест или может ему не нравится еда.