Подскажите, пожалуйста, почему рекомендуется ждать две недели между профилактическим глистогонным и прививкой?

Возраст щенка Вы не указали.. .
Обычно малышам глистогонное дают перед первым прикормом.
Да, перед прививкой тоже нужно давать глистогонное.
Советуют по-разному - иногда препарат даётся подряд несколько дней, если щенок очень заражён. Бывает, что с интервалом в несколько дней врач советует его давать. Иногда рекомендуют ждать неделю-две и потом давать повторно. Всё имеет значение - порода, возраст, вес щенка.
Наш постоянный вет назначает "лёгкий" препарат от круглых глистов, считая, что в столь юном возрасте щенок может быть заражён только ими. По статистике (почти) все щенки заражены круглыми гельминтами.
Рекомендуют переждать некоторое время перед прививкой потому, что щенок должен отдохнуть после приёма глистогонного препарата, восстановить силы. Вакцинацию обычно делают через 10 дней после дегельминтизации. Знакомые делали прививки и раньше, если поджимали сроки, вынуждали обстоятельства - и всё заканчивалось благополучно.
Я не решалась нарушать инструкции.

а раньше прививать нет смысла, потому, что щенку от матери передаются антитела, защищающие его от инфекционных заболеваний. держится этот имунитет примерно 10-12 недель. И полученные антитела, помешают действию вакцины

Если даже глисты были, вы их в кале после глистогонного не обнаружите. Они разлагаются в организме. Целые глисты выходят в том случае, если щенок просто ужасно заглистован. Лучше не рисковать, а идти на прививку через 10 дней.

Не надо торопиться. Вы бы повторную, наверное, сразу, через пару дней, хотели сделать? Первая прививка в 2!!! мес. Потом через 10-14 дней повторная+бешенство. И 3 недели дома. Успеете еще нагуляться. А 10 дней для того, чтобы прививка не была нейтрализована выделениями глистов, если таковые имеются.

тяжело для организма, может не выдержать

Перед тем как делать прививку у собаки нужно прогнать глистов за 10-14 дней до вакцинации, т. к. выделяемые глистами токсины угнетают иммунную систему и прививка становится бесполезной. и еще если глисты не выходят это не значит что их нет. подождите 10 дней хотя бы и делайте