Бывали ли у кого-то случаи, что коты нападали на морских свинок?

Кошка - это хищник-охотник, ее и одомашнили-то ради ее врождённой страсти убивать грызунов, с которыми она в силах справиться. Морская свинка в этом отношении - не менее доступная и желанная для нее добыча, чем крыса.
Даже для козлёнка кошка опасна: мама и бабушка козочки наших дачных хозяев не на шутку взволновались, когда к полянке, где паслось семейство, подошел крупный кот - и дружно наставили на него рога. А козочка была уже в таком возхрасте, что легко запрыгивала на крышу сарая.

У меня свинки жили на протяжении 12 лет, и всё это время у нас был кот. Клетки со свинками стояли в постоянно запертой комнате, кот не имел доступа не только в эту комнату, но и к ее дверям.

Могут и напасть. Для кошки всё, что меньше неё самой, на роль добычи подходит. Поэтому они не только на мышей охотятся, но и на птиц, на насекомых, на ящериц. Морская свинка - отличная добыча: и упитанная, и грызун. Это даже не крыса крупная уличная, которая серьёзный отпор кошке дать может.
Если даже не съест кошка, то придушить или выцарапать глаза сможет. А зверёк может не только от ран, но и из-за стресса умереть.

Нет.

Да. Для них это охотничий инстинкт. И на хомяков, и на шиншилл. Так, что берегите грызуна

Двух захавали, легко, как мышей.

Кошки и морские свинки не дружат, не важно с детства они вместе или нет - контактов быть не должно. Морская свинка вне клетки не должна находиться одна в комнате даже в случае отсутствия кота.