Вернулись на натуралку, текут глаза

возможно, аллергия.. погуглите элиминационную диету- какое-то время подержать на мясе, которое не давали и новом виде углеводов. если на них ок- добавлять другие продукты и смотерть за реакцией. так выбирать набор продуктов, которые норм переносит, ну и после балансировать рацион- в смысле, добавлять жиры, витамины.. лучше, когда этим занимается врач.
как вариант, если на каком-то хорошем корме нет аллергических реакций- можно им кормить..
но может и так совпало просто, и проблема именно в глазе- конъюнктивиты бывают, например

Чаще всего аллергия бывает на курицу и говядину, а также на глютен злаков. Уберите гречку из рациона, замените на горсть овощей, посыпая ими мясо. Давайте индейку, кролика, утку, нежирную баранину.

Попробуйте пока исключить курятину, на нее чаще всего бывает аллергия. Причем вполне на курятину одного поставщика может быть аллергия, а на другого-нет, кур сейчас чем только не пичкают...

Ну и возвращайтесь на сушку

Что из натуралки даете, чего не было в составе корма?

Вряд ли это от еды.

Для начала исключите бактериальный и вирусный конъюнктивиты.
Понятия не имею, кто их у собак вызывает, и как они протекают. Я не ветеринар и не окулист, поэтому советов по минимуму.
Попробуйте промывать глаза чайной заваркой

Лучше найти ветеринара, который хоть немного в офтальмологии шарит. Желательно, с высшим образованием, а не после шараги.