Мысль может сама по себе иметь эмоциональную окраску или всегда в одном цвете?

и может и имеет.
красную - если мысль о сексе или жизневажных вопросах.
коралловую - если о потребности быть любимым.
оранжевую - при чувстве разбитости на мелкие части
"золотую" - при переоценке ценностей
желтую - при вопросах вроде "каково именно моё место в мире", "какие цели на самом деле мои" и "в чем для меня радость"
оливковую - если мы готовы к собственной мудрости
зеленую - о любви
синюю - о боге, об отце, муже, начальнике, о смысле жизни
фиолетовую - если ммы нуждаемся в душевном исцелении или покое
или белую - если мы не в силах осознавать и чувствовать происходящее. .

Думаю, что может - если возникает на эмоциональном фоне, т. е. если мысль - следствие эмоций. Например, человека обидели - и он обдумывает, как бы отомстить. Даже выражение есть - "черные замыслы". Или человек влюблен - и думает, какой бы подарок выбрать для любимой. И на это счет есть выражение - "радужные мысли".

Мысль сама по себе бесцветна и эмоционально не окрашена. Это импульс, энергия, излучаемая мозгом в пространство. Человек смотрит на мир сквозь призму эмоций (в основном, такова его природа) и именно эмоции придают мысли характерный окрас.

Кстати, на фотографиях ауры можно различить основной цвет и вспомогательные - то, что мыслим и думаем, всю нашу подноготную.

Мысль - это первопричина, а вот следствия этой мысли принимают эмоциональную окраску !