А для чего создаётся огромное количество файлов php? Это для удобства ?

Много не правильных ответов
1. То, что изменил на одной странице и изменилось на всех остальных - это вообще здесь не причем т. к. тот файл о котором ты написал в вопросе можно было так же инклюдить на все страницы и все
2. Про поисковике тоже не правильно т. к. речь идет о PHP страницах, а PHP код обрабатывается на сервере и поисковике без понятия сколько у тебя таких страниц

А сделано это прежде всего для максимального разделения структуры кода и удобства его последующего редактирования. Кроме того, зачем нам каждый раз подругружать один объемный файл со всеми контроллерами и модулями, если на нужна только часть из них

По идее каждый файл php решает свою задачу. Один осуществляет роутинг, другой ищет в БД, третий связывает все это в единое, следующий собирает страницу, еще один отправляет письма, ..Все это решать в одном файле пупок порвется. Сервер сам скомпилирует нужные файлы.

Удобнее когда модули отдельно, они же используются не на одной странице. Потом изменил один файл и везде применилось, чем каждый файл отдельно редактировать.

Среди программистов просто ходит негласное соглашение -находить и резать на мелкие кусочки говнокодеров оставивших в наследство подобный код поэтому все очкуют и пишут продумано структуриванно и распределенно по модулям
П с а так как ты предлагаешь да с точки зрения интерпретатора ему реально пофигу откуда читать код но вот люди...
П с а еще вспомнилась цитата про то что взгляд человека читающего1500 ассемблерных строк способен прожигать бетон толщиной до трех метров ...

в одном файле меньше наглядности. запутаться можно. особенно, если работает не один разработчик, то тогда легче распределять работу.

еще при отладке удобнее отключать модули целыми блоками, если их загнали в инклюды.

еще поисковики вроде лучше относятся к сайту, у которого много страниц, а не одна, а контент подключается через параметры

Еще PHP код (и, кстати, не только PHP) разделяют на менее крупные компоненты для удобства их последующего использования. Скажем, написали вы парсер какой-нибудь, выделили в отдельный класс, он у вас отлично работает. А на другом проекте возникла схожая задача. Если этот парсер у вас достаточно абстрагирован, вы можете взять его в готовом виде и использовать в другом проекте.

Конечно для удобства, допустим пример с базой данных. В одном файле подключение, и есть 100 файлов для какой-то работы с ней, в этих ста файлах инклудится php файл с подключением. У нас допустим слетела бд, и мы создали новую, гораздо лучше изменить подключение к бд в одном файле, чем в 100 файлах.