1) Генетика.
Если оба родителя гетерозиготны по резус-фактору крови, то есть у них гены Rh+Rh-, сцепляются два гена Rh-Rh- и получается ребёнок с отрицательным резусом-фактором крови.
Вот таблица наследования резус-фактора крови.

2) Ошибка лаборантов.
Я лично столкнулась с ошибкой лаборантов именно по определению резус-фактора крови, у обоих моих родителей первая положительная группа крови. В 4 годика мне в детской больнице определили первую отрицательную группу крови и поставили штамп в свидетельство о рождении. Работаю медсестрой и в 20 лет ещё раз переопределила группу крови и резус-фактор, оказалась... первая положительная группа крови. Ещё потом трижды переопределила группу крови и резус-фактор, везде была и есть первая положительная группа крови. Поэтому мой Вам совет, ещё раз идите с ребёнком в поликлинику и сдайте анализ на группу крови и резус-фактор, не исключена у него точно такая же ошибка, как и у меня, сейчас ошибок при определении группы крови и резус-фактора допускают очень много.