Как разговаривать с человеком, считающим, что наука это сплошная ахинея, а учёные только выдумали всё?

Прежде всего - с уважением. К его потребностям, желаниям, мнению, интересам, в целом, к нему, как к личности. И с любовью, с заботой. Это важно для детей, чтобы родители к ним относились так, к таким, какие они есть.

Думаю, есть много тем для разговора, в которых отношение к науке никак не влияет на возможность диалога.

Если вопрос в том, чтобы убедить, что наука - это не выдумки, то во-первых, нужно задаться вопросом - а так ли уж нужно это делать, убеждать в этом?
Но, если уж дело дошло до спора, то упор нужно делать не на конфронтацию, а на то, чтобы альтернативная точка зрения продемонстрировала лучшие достижения или способности в предсказании. Предлагать сформулировать что-то и проверить.
Так же можно задать вопросом о том, если наука не работает, то как так получается, что человек активно пользуется ее результатами - есть еду, созданную учеными, пользуется транспортом, электричеством, говорит по телефону, не сомневаясь, что разговаривает со своими друзьями, а не с телефонным чертом. И получает ожидаемый результат, относится к этому с доверием.

Иронично...

Когда он серьезно займется наукой -
он поймет свои заблуждения

Учёные ничего не придумывают сами, а лишь открывают законы Природы. Эти законы объективны и действуют помимо нас, хотим мы того или нет!)
Так, что в сыне сейчас бушует дух противоречия!) Это от возраста.

Глупенький он ещё

А зачем вам с ним разговаривать?) И тем более доказывать что-то))