Notepad++ или PyCharm? Какой редактор лучше?

Смотри вообще, как тебе удобнее. Это самое главное.
К интепретатору снизу - можно привыкнуть, хотя дело вкуса. Мне наоборот удобно, что для запуска кода не нужно никуда больше лезть, можно видеть прямо в IDE.
Горячие клавиши настраиваются, кнопку Run, вроде как, можно вынести, чтобы она всегда была на виду.

Но это все не главне достоинства IDE перед редактором.
PyCharm умеет такие штуки, как интеллектуальные подсказки по коду, jump to definition - переход к объявлению/определению класса/переменной/функции и так далее - для больших проектов это прям находка.
Есть отладчик, что тоже круто.
Можно работать с проектом - то есть не с отдельным файлом, а с целым набором файлов с кодом - ибо писать весь проект в одном файле есть плохо. И насколько я понимаю, jump to definition и подсказки по коду работают в рамках всего проекта, а не одного файла, чего Notepad++, будучи редактором, просто не умеет.
Хотя я и не уверен, что это за плагин такой - Python, и на что он способен.

Я считаю, стоит почитать про PyCharm подробнее, узнать, какие есть в нем полезные штуки, и все-таки попытаться привыкнуть к нему, чтобы экономить себе кучу времени и сил в дальнейшем.
Но в конечном счете все определяется твоими предпочтениями и удобством.

Для своих целей можешь использовать то, что тебе удобно.
Если хочешь, чтобы опыт еще и ценился для трудоустройства в будущем, то нужно подстраиваться.
Обозреватель проектов и файлов точно нужен в крупных проектах. Его не надо отключать.