Вопрос о жилищном сертификате.

Придётся или нет вам платить налог зависит от того сколько лет в собственности находится квартира. Если более 3-ёх лет, то сумма, которая будет указана в договоре купли-продажи может быть любая, налог платить не придётся. Если же Вы владеете квартирой менее 3-х лет, то Вам не выгодно указывать в договоре сумму, превышающую 1 млн. руб. В этом случае платится подоходный налог 13% с суммы, превышающей 1 млн.
Таким образом, можете ли Вы спокойно продавать квартиру покупателям с жилищными субсидиями, сертификатами и т. д. зависит от срока владения квартирой.
Что касается особенностей сделки с сертификатом, то смысл следующий. У покупателей часть денег находится на ИБС (индивидуальном блокированном счёте) в банке. На сделку они приносят гарантийное письмо банка с данными этого счёта. В договоре купли-продажи указывается, что часть денег покупатель перечисляет продавцу со своего ИБС на счёт продавца. То есть Вам необходимо будет открыть счёт в том банке, в котором открыт ИБС покупателя. Лучше в этом же банке, чтобы не платить процент за зачисление и обналичку. После регистрации договора в УФРС и согласования с Жилищным комитетом, деньги с ИБС покупателя перечисляются на Ваш счёт. Далее Вы можете делать с ними что хотите, либо обналичить либо оставить в банке.

В банке открывается на Вас блокированный счет и после регистрации Вы забираете деньги.

Налоги, смотря сколько лет у Вас в собственности.

Операция может выглядеть по разному.