Стоит ли оставлять аванс за квартиру риэлтору, без присутствия собственников?

лучше не давать....

99% авансов и вносятся в агентства и без присутствия собственников. Вы с агентством подписываете договор на оказание услуг, под который и вносите аванс

Если у него нет доверенности на представление их интересов то нет. Договор - это план действий, а как факт сложится покажет время. Вы никакого договора с этим риэлтором не имеете и Вас этот договор не касается.
Если решитесь - обязательно с него расписку с его данными, ссылкой на то, что он действует на основании договора, по поручению (ФИО) собственника и что деньги переданы как АВАНС за конкретную (адрес, кол-во комнат) квартиру

должна быть доверенность, не обязательно нотариальная.

Акт приема -передачи денежных средств лучше составьте! Береженного бог бережет!

Я бы вносила аванс только в случае, если договор с агентством эксклюзивный (т. е. с данным объектом работает только одно агентство) .
У агента могут быть оригиналы документов, но это не ограничивает собственника в праве распоряжения своей квартирой - захотел дал документы, захотел - забрал обратно.. . и более того, агентства не в праве забирать данные документы у продавца - это противоречит закону. И при этом продавец всегда может принять аванс самостоятельно, даже при наличии эксклюзивного договора.
ИТОГО: отдать аванс Вы можете, НО аванс - не задаток, если они найдут более выгодного покупателя - аванс Вам просто вернут. В лучшем случае, Вы просто потеряете время.. .
И не забывайте, что большинство агентств работает по франшизе - т. е. просто используют товарный знак, и полагаться на платежеспособность "брэндовой корпорации" не стоит. (мои клиенты один раз налетели так с офисом миэль, который в итоге оказался компанией "рога и копыта")
Ну а если решились, то только под гарантийное письмо. + вы должны иметь на руках копию приказа о полномочиях должностного лица подписавшего обязательство заверенную печатью компании.

Если агент частный, без агентства, то аванс передается непосредственно собственнику! Если агент - сотрудник агенства, он вам выдаст гарантийное письмо на полученную сумму.