Опровержение теории А делает теорию Б верной?

Опровержение теории А доказывает теорию Б только в том случае если А и Б составляют полную систему и взаимно исключают друг друга.

Ну, например теория А – «Все вороны чёрные» , теория Б – «Не все вороны чёрные» . Опровержение теории А доказывает теорию Б.

Да не бывает теорий верных или неверных. Теории бывают годные и и негодные, причем в конкретном случае.
Когда теория позволяет описывать известные эффекты и предсказывать неизвестные, в удовлетворяющих границах рассмотрения явлений - она используется. Если требуется расширить эти границы и учесть эффекты, противоречащие данной теории - используется другая.

Так поступили эволюционисты, отвергнув теорию разумного замысла, но чуда не произошло, потому, что только людей запутали и сами ничего не доказали, а разумный замысел Бога как был, так и останется неопровержимым.

Да, если других нет.

если только теория А была самым существенным противоречием теории Б

Нет. Это всего лишь опровержение теории А, а не доказательство теории Б.

Истина одна - а теорий бесконечность

"-проявлениям материальной энергии Верховного Господа поистине нет конца. Материальный мир состоит из трех гун природы [саттва-гуны, раджо-гуны и тамо-гуны] , однако ни один смертный, даже если он проживет столько же, сколько Брахма, не сумеет дать полное описание этого мира. Все обитатели материального мира несовершенны, а несовершенные существа, сколько бы предположений они ни строили, не способны правильно объяснить устройство вселенной. -"

Теорий может быть бесконечное множество, и опровергая одну, нельзя быть уверенным в правильности всех остальных .

Смотря что говорит теория Б.