За что предали Емельяна Пугачёва анафеме ,он ведь не против церкви востание поднял ?

Там и это было. К восстанию примкнуло очень много притесняемых православной церковью башкир. Их облагали двойными податями до тех пор, пока в православие не переметнутся. Пугачев им обещал, что несправедливость устранит.
Грекулов пишет: Крестьяне уничтожали церкви, убивали особо ненавистных им священников. Они оставляли навязанное им силой православие и возвращались к вере отцов. По официальным далеко не полным данным, во время восстания Пугачева было убито 237 церковников и членов их семей и сожжено свыше 60 церквей16. Удмурты, чуваши, башкиры, татары просили Пугачева избавить их от гнета священников. Пугачевский атаман Герасим Иванов по просьбе крестьян сжег дом сунгулеевского священника на Урале; в селе Нохмачи священника повесили, а его дом сожгли. После взятия восставшими Ижевского завода в селе Сретенском удмурты повесили весь притч, а церковь разграбили. Мордовцы села Кангуш Краснослободского уезда Тамбовской губернии избили священника Алексея Васильева, говоря при этом: «Не мешай нам, поп, молиться по-нашему» 17. Удмурты также отказывались выполнять церковные обряды, платить поборы за требы и расправлялись со священниками. В виде протеста против христианизации удмурты возвращались к прежней «идолопоклонной» вере. В феврале 1774 г. новокрещенные удмурты, собравшись в селе Сретенском, решили послать к Пугачеву депутацию и просить его закрыть Ижевский завод, а им разрешить быть по-прежнему в идолопоклонной вере18.

Ой у меня есть фотография письма его руки ) Грамоты он не знал и поэтому писал крючками, что бы подчиненные не догадались

Алё.
Святейший Синод был де-факто министерством по делам религии.
Обер-прокурор сказал: "Исполнять! ", священство ответило :"Есть! ".

Да и с чего бы госструктуре любить бандита, убийцу, да и к тому же бунтовщика.

Мне один священнослужитель из Удмуртии рассказывал (там о нём лучше нас знают) , как он глумился над православными святынями в храме - подробно рассказывать не хочу. Настолько мерзко - язык не поворачивается.

Потому что Личностью был. У нас таких не любят....