Что руководит атеистами в принятии решения - сделать по-доброму или со зла?

Золотое правило нравственности внедрено нам всем до единого Богом, что называется "на генетическом уровне".
И атеистам и верующим и агностикам.

И в каком же это таком заповеднике ни одного живого атеиста нет?

индивидуальная нравственность, как высшая форма нравственности. Вот, что руководит человеком-личностью.

мой ум и моя совесть.

Совесть

Ну для меня, как для агностика, вопрос выбора действий по-добру или от зла вообще не стоит, ибо даже припомнить себе не могу, что вообще делала именно злонамеренно. наверное система ценностей, в которой главенствующую роль занимает любовь и, осознание того, что каждый из нас здесь и сейчас в физическом воплощении нарабатывает энергию души, чтобы двинуться дальше на пути ее совершенствования

Эмоции, рассудок, как и у всех, думаю. У верующих тоже так, только есть огромное желание приписать зло божьему промыслу и обозвать его добром. То что хочется сотворить, а нельзя. Например окрестить ракеты и послать их на вахаббитов (и наоборот) , нарушив заповедь - не убий.

благородство, ум, честь, совесть, моральные авторитеты и альтруизм заложенный в генах

Я монетку бросаю. Со смещенным центром тяжести)

Совесть - голос Божий в сердце человека, как об этом пишет святой апостол. Те безбожники, кто не заглушил в себе этот голос, иногда руководствуются им. Те, кто заглушил, слушаются беса, разжигающего их страсти и толкающего всё на новые и новые грехи и даже преступления.