В чем заключается смысл повторения молитвы «Господи, помилуй» 3 раза, 12 и 40 раз?

Нумерология...

Это значит, что верующие держат этого самого Господа за полнейшего дебила : с первого раза не поймет; нужно повторить раз сорок.

Ни в чем. В оязычивании христианства. Не в многословии будете услышаны.

Иисус рекомендовал этого не делать - Мф6:7

Это просто мантра.. . Подавляет левое полушарие. Активизирует правое. Подключает к эгрегору...

3-кратное - прославляет 3 ипостаси Бога. 12-кратным освящаем 12 часов в сутках. 40-кратное благословляет всю нашу жизнь и все дела. Вы же - оригинальный куплетист, могли бы сами придумать ответ, лишь немного подумав. :-)

"И когда молитесь, не повторяйте одно и тоже (лишнего) , как язычники.. "Мф 6-7.

«Почему часто поем: ”Господи, помилуй? ” Потому что мы – существа падшие, непрестанно согрешающие и прогневляющие своего Господа, и потому достойны всякого осуждения и наказания во всякое время. И все блага, которые имеем и которых просим, имеем по милости Божией, а не по делам и заслугам нашим; и просим как милости Божией, а не как должного, или принадлежащего нам по праву. Таким образом эта краткая молитва учит непрестанному самоосуждению, покаянию, смирению, исправлению, упованию на милость Божию, милосердию к ближним, памятованию о праведном суде Божием и мздовоздаяния по делам каждого из нас»

Повторение - мать учения и прибежище ослов.

Да сколько угодно раз, если молитва идёт не от сердца, а как формальность смысл её теряется. Молитва вообще не должна иметь никаких рамок и шаблонов, на то она и молитва.