почему заповедь "не убий" противоречит "ворожей не оставляй в живых"?

Противоречит только в христианстве - христианам так перевели. В иудаизме не противоречит, ибо звучит как "Не убей без надобности/без необходимости"...

В иудаизме :
6. Не убей. В оригинале: «לֹא תִרְצָח». Использованный глагол «רְצָח» обозначает безнравственное преднамеренное убийство (ср. англ. murder), в отличие от любого вообще убийства, например в результате несчастного случая, в целях самообороны, во время войны или по решению суда (ср. англ. kill). (Так как сама Библия предписывает смертную казнь по решению суда в результате нарушения некоторых заповедей, этот глагол не может означать убийство вообще, при любых обстоятельствах)

у бить и не оставить в живых это разные понятия.

Понимать просто: "Не убий" без жизненной необходимости, ради власти, нажива, забавы и т. п.
Эти выводы само-собой следуют.

лучше оставлять

Те, кто занимается колдовством связаны со злыми духами. Они вместе с Сатаной являются противниками Всемогущего Бога. Спиритизм-это предательство по отношению к Богу.  "Никто у тебя не должен проводить своего сына или дочь через огонь, гадать, заниматься магией, высматривать приметы, колдовать,  связывать других заклинаниями, обращаться к вызывающему духов, предсказывать будущее или спрашивать о чём-нибудь умершего.  Ведь все, кто делает это, мерзки для Иеговы, и за эти мерзости твой Бог Иегова прогоняет их от тебя",-книга Второзаконие, 18гл. 10-12стихи.
Бог предупреждает, что за колдовство наказанием является смертная казнь. А ворожба и прочее это связь с врагами Бога.

Ворожеи практикуют язычество, прибегая к помощи темных сил, а не Господа Бога.

"не оставляй за спиной живого врага" - реальная мудрость на войне.