Есть ли душа у живого дерева, у атома, молекулы, бактерии?

Душа есть у всего живого. А неживого нет ;)

Если ты имеешь в виду самосознание, то - нет.

18. Сказал я в сердце своем о сынах человеческих, чтобы испытал их Бог, и чтобы они видели, что они сами по себе животные;
19. потому что участь сынов человеческих и участь животных — участь одна: как те умирают, так умирают и эти, и одно дыхание у всех, и нет у человека преимущества перед скотом, потому что все — суета!
(Екклесиаст 3:18,19)
28. И отверз Господь уста ослицы, и она сказала Валааму: что я тебе сделала, что ты бьешь меня вот уже третий раз? (Книга Числа 22:28)
27. Посмотрите на лилии, как они растут: не трудятся, не прядут; но говорю вам, что и Соломон во всей славе своей не одевался так, как всякая из них.
(Св. Евангелие от Луки 12:27)
16. Но земля помогла жене, и разверзла земля уста свои, и поглотила реку, которую пустил дракон из пасти своей. (Откровение Иоанна Богослова 12:16)

Есть, но называется по другому.

Есть только свой энергетический потенциал

Учёные физики приходят к выводу что даже у атомов есть квантовый ум, хоть и примитивный.

Это разве должно влиять на наше отношение к тем же самым камням и деревьям?

Есть душа, нет ли её...
К людям относимся как к бездушным доскам.
В себе надо покопаться, а не в душе природы.

Нет.

Ни у кого нет :)

Нет. Бог сказал: «Да произведет вода пресмыкающихся, душу живую» . В следующий день сотворения он повелел: «Да произведет земля душу живую по роду ее, скотов, и гадов, и зверей земных по роду их» (Бытие 1:20, 24). Это значит, что все живые существа — как люди, так и животные — души. Растения в Библии душами не называются.
Это согласуется с тем, что, по словам Библии, происходит с душой в момент смерти. В Иезекииля 18:4 сказано: «Душа согрешающая, та умрет» .

в Библии используются слова «душа» и «души» , чаще всего они означают 1) людей, 2) животных, а также 3) жизнь людей или животных.

у дерева, бактерии, животных (у человека в том числе) душа есть. у грибов она есть. Короче у всего что дышит и живет.

Душа есть только у человека и животных. У растений в том числе и дерева, бактерий души нет. У неживого также души нет.

душа только у человека есть!