Почему когда хоронят умершего то говорят ему "покойся с миром". Что значит "с миром"?Как это? А если "не с миром" будет,

Это обыкновенное суеверие. Темные невежды якобы желают мертвому спокойно лежать в гробу без мучений до Судного Дня. На самом деле мертвые не могут ничего чувствовать, слышать, видеть, осязать, мыслить. С таким же успехом можно пожелать куску мяса, купленного на рынке, "покоиться с миром" в морозилке на кухне...

Он так устал, теперь пусть отдыхает спокойно.
Придираться к словам глупо. Но если не дано чувствовать поэтическую составляющую, то это всё что вам остается.

Может хотят, чтобы покойный не обижался на них? Вдруг вспомнит, как они ему непрятности доставляли. То ли имеют ввиду мир с Богом. Чтобы Бог на покойного не обиделся. Люди сами не понимают, что говорят. Вообщем, Библии не знают, вот и повторяют друг за другом.
«....5 Живые знают, что они умрут, а мёртвые ничего не знают, ..» (Экклезиаст 9:4, 5)
«...в могиле — месте, куда ты пойдёшь,— нет ни работы, ни замыслов, ни знания, ни мудрости.» (Экклезиаст 9:10)

это скорее всего значит что человек на том свете может умиротворится, успокоится, и уже не нужно бороться за жизнь :) А может связано с душами умерших, что они могут не найти упокоения и блуждать и беспокоить близких. все это суеверия и забубоны. Если поехать в глубинку то можно и не такое услышать на похоронах, там процесс похорон проходит чуть ли не танцами с бубном и у каждого свои традиции