Почему Бог наказал пресмыкающееся животное, а не Сатану, который, якобы, принял только вид змеи?

Надо просто здраво толковать духовное в буквальное, а не духовную иносказательность пытаться еще и иной духовностью истолковывать!
Под образом тем змеем искусителем был умный и красивый египетский горожанин у которого тотемом был змей, но после искушения Евы, которая сама же его возжелала и еще Адама совратили они, божий садовник его перевел в рабы, которые пресмыкаются перед господами.

На самом деле, всё было не так. У иудеев Сатан как был высшим из ангелов, так им и остался. Только высшему из ангелов можно поручить роль ангела тьмы. Сатан превратился в змею и забрался на дерево по замыслу Всевышнего. Если бы он не нашептал Еве откусить от яблока познания, они так и не смогли бы сообразить, как выполнить первую заповедь - плодитесь и размножайтесь. Если внимательно читать, то именно эта заповедь первая, а не есть плод дерева познания - вторая. Без этого и человечества бы не было. В общем, мутная история.

Сатану Бог тоже наказал. В Откровении написано, что скоро Сатана будет сброшен в бездну на 1000 лет, а потом уничтожен.

Библия не говорит, что у существа, с помощью которого Ева была введена в заблуждение, раньше были ноги, но затем пропали. Также это не обязательно означает, что змей — даже представитель конкретно того вида змей, который был использован Сатаной, — ранее передвигался каким-то иным образом (так, известно, что многие змеи живут на деревьях, а не на земле).
Приговор Бога был вынесен не буквальному змею, а Сатане — невидимому духу, который им воспользовался. Змей, говоривший с Евой, — это бессловесное, неразумное существо, поэтому обвинять в чём-либо его нельзя. Он не знал, что стал орудием Сатаны, и не мог понять приговор, который Бог вынес виновным.
То, как змей ведет себя в естественной среде — ползает на брюхе и совершает характерные движение языком, словно лижет пыль, — подходящим образом символизирует униженное положение Сатаны.