А апостолы крестили водою или Духом Святым?

Не апосталы. А Бог крестит Духом Святым. Служитель могут бить лишь только средство. Каждый получит Дух Святой, кто веря будет просит.

вы же сами ответили на свой вопрос

Водой

Духом челвоек крестится в момент уверования. А апостолы как и сейчас верующие, крестят водой уже крещенных Духом.

КРЕЩЕНИЕ
Греческое слово ба́птисма подразумевает процесс погружения, включая поднятие на поверхность; оно происходит от глагола ба́пто, означающего «обмакнуть» (Ин 13:26). В Библии слово «крестить» имеет то же значение, что и «погружать». Так, один подстрочный перевод передает Римлянам 6:3 следующим образом: «Или не знаете что, сколькие мы были погружены (крещены) в Христа Иисуса, в смерть Его мы были погружены (крещены)?» (ПРБО; см. также ЕНЗ, СмП). В греческой Септуагинте используется форма того же слова, переданного в Исходе 12:22 и Левите 4:6 как «обмакнуть». Когда человека погружают в воду, его словно «хоронят» на время, а затем поднимают из воды.

Существовали 4 вида крещения.... 1) крещение Иоанна, 2) водное крещение Иисуса и его последователей, 3) крещение в Христа Иисуса и в его смерть, 4) крещение огнем. Апостолы соответственно людей крестили в воде и святым духом.,,,

Водой. Немного не в тему, дополню. Матф. 28:19: «Поэтому идите и... подготавливайте учеников, крестя их».
Деян. 8:12: «Когда поверили Филиппу... то стали креститься, и мужчины, и женщины».
Однако позднее Ориген (185—254) писал: «Согласно церковной традиции, крещение должно отправляться даже для младенцев» (Selections From the Commentaries and Homilies of Origen. Мадрас, Индия, 1929. С. 211). Эта практика была подтверждена на Карфагенском соборе (ок. 252 года н. э.).
Церковный историк Август Неандер писал: «Вера и крещение всегда были связаны друг с другом; и, по всей вероятности... в тот период [в первом веке] не было обычая крестить младенцев. [...] То, что обычай крестить младенцев был признан как апостольское предание лишь в третьем веке, свидетельствует не в пользу, а скорее против того, что это предание произошло от апостолов» (Neander A. History of the Planting and Training of the Christian Church by the Apostles. Нью-Йорк, 1864. С. 162).