Когда началось крещение, как перекрещивание себя?

Что вы имеете в виду? Водное крещение, крещение Святым Духом или крестные знамения рукой? Если речь идет о водном крещении и крещении Святым Духом, то на это есть указание в Новом Завете. А что касается крестных знамений рукой, то о них в Библии вообще ничего не сказано. Но согласно истории христианства, во времена Нейроновских гонений, это был отличительный знак пароль у христиан для распознания от врагов. В последствии католики и православные сделали из этого культ. По этому и нет точного определения как делать эти крестные знамения. Католики сперва кладут руку на левое плечо, а православные на правое. Одни опускают руку до груди, а другие до пупа. По разному складываются и пальцы руки. Одним словом это уже культовый предрассудок.

во времена гонений на христиан, в Риме.

Я точно не знаю кто начал первым накладывать на себя крёстное знамение, но рекомендую почитать Каптерев "Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович" про иторию раскола. Автор там разбирает и то как развивалось крёстное знамение от одноперстия через двуперстие к трёхперстию

Кажется, это называется: осенять себя крестным знамением. К сожалению, не сильна в православной традиции, не могу сказать, от куда это пошло.

.Омывание водой было у иудеев Оттуда пошло. Но это просто обряд который смысла не имеет. .Когда был Христос крещение его было не омыванием водой а крещение знанием духовным. Он много об этом говорил. Я крещу огнем и духом святым Он многим говорил купите у меня знание очищенное огнем. Это знание чистое и мудрое. То крещение которое вы видите придумали религиозники. Крещение Христа это крещение вашего духа через знания духовные .Это поиск размышления и поступки ваши по духу. Крещение земное это для плоти, крещение Христа это знание для вашего духа.