"Дух дышит, где хочет", - т. е. и за пределами религии, во всех сферах жизни?

Религия (лат. religio, от religare – соединять) – особая форма мировоззрения, сосредоточенная на познании Высшего бытия, выступающего Первоначалом всего существующего.

Дух дышит, где хочет, и голос его слышишь, а не знаешь, откуда приходит и куда уходит: так бывает со всяким, рожденным от Духа

Никодим, по-видимому, не переставал в себе удивляться, как возможно ему, старому человеку, отрешиться от всяких греховных наклонностей и привычек. Он хотел понять, как совершается этот процесс духовного возрождения человека. Но Христос притчей разъясняет ему, что он всего понять своим разумом не может. Вот, например, «ветер» (по-русски неточно – «дух»). Разве Никодим в состоянии объяснить себе, откуда ветер приходит и куда уходит? Точно так же нет ничего удивительного в том, что Никодим не понимает, как действует на человека Дух Божий.

Рассмотрим, однако, в подробностях сравнение, употребленное Христом. Во-первых, Он говорит о ветре, что он имеет полную свободу движения: человек не может успокоить ветер или заставить его изменить свое направление. Во-вторых, действие ветра чувствуется даже и тогда, когда от него всячески ограждают себя: его слышно и при запертых дверях. В-третьих, не знают пункта, с которого начинается движение ветра в каждом данном случае, и того конечного пункта, до какого доходит это движение.

Действию ветра подобно и действие Духа Божия в человеке. Во-первых, Дух действует там, где хочет (ср. 1Кор. 12:11), и Его нельзя присвоить себе силою, а можно получить только как дар (Ин. 7:39). Во-вторых, присутствие Духа нельзя не приметить тому, кто возрожден Духом: даже и другие, не совсем глухие и слепые, чувствуют, что в возрожденном присутствует и действует этот Дух (Ин. 7:38). В-третьих, ни сам возрожденный, ни кто-либо другой не может определить, где, когда и как Дух начал оказывать на него действие. Так же мало знают возрожденные и о своем последнем состоянии, к которому их ведет Дух (1Ин. 3:2). Возникновение и завершение жизни возрожденного человека – это тайна, и тем не менее это не мешает или, точнее, не должно побуждать человека сомневаться в истинности возрождения.
Лопухин А. П.

Как раз в сферах религий он вряд ли захочет дышать.
Там для него слишком спёртые воздухи и чуждая атмосфера.

Дух Святой Личность и бывает там, где полезно для спасения человека, где Сам захочет. Он вне времени и пространства, Он Вездесущий, может одновременно быть в разных местах.

Это значит, что дух может жить и перемещаться в любой среде:
в огне, в воде, в эфире, в воздухе и в земле.
Для духа нет никаких преград.

В каждом атоме Своего Творения.

Если хочет, то да.

дух дышит во всем

Приведённая в вопросе цитата взята из Синодального перевода от Иоанна 3:8, слово "дух" на языке оригинала может означать как "дух", так и "ветер". Вот, как это место Библии записано в Новом русском переводе:

8. Ветер дует, где хочет. Ты слышишь его шум, но не можешь определить, откуда он приходит и куда уходит. Так же и с каждым рожденным от Духа.
(Св. Евангелие от Иоанна 3:8)

Что касается духа, то воздействие его на человека определяется самим человеком, который может развивать в себе необходимые для этого качества:

Плод же духа: любовь, радость, мир, долготерпение, благость, милосердие, вера, кротость, воздержание. На таковых нет закона. (К Галатам 5:22,23, Синодальный перевод)

Это нужно делать везде и всегда, тогда "ветер" будет для человека благодатным, а не разрушающим!

Иисус знал, что понимать духовные истины не легко. Для лучшего понимания подходит наглядный пример, ветер: Никодим мог слышать, ощущать и видеть действия ветра, но он не мог понять ни его происхождение, ни его окончательное назначение. Тем не менее реальность ветра не подлежала сомнению. Следовательно, кому недостает духовной проницательности, тому трудно понять, как Бог действует через Свой дух, чтобы кто-нибудь родился снова, и что является его окончательным назначением. С помощью же инспирированных писателей Библии у нас есть возможность понять это.

дух дышит по всей земле и галатике.