Правильно ли это, что какие-то религии официально признаны на уровне государства, а есть те, которые запретили

Первое неприятно, особенно когда напоказ, но формальная охрана от ФСО хуже
Второе это прямое нарушение конституции

Религия - Сверкающая Личность, ведущая душу к Богу. А вы о какой религии .

Вы совершенно безграмотны.

Государство легализует (узаконивает) религии путем госрегистрации. И это не нарушает принципа светскости, отделения Церкви от государства.

Этот принцип только значит, что государство не подчиняется органам церкви, а власть не вмешивается во внутренние дела Церкви. Право на сотрудничество и поддержку при этом сохраняется. (Например в светской Германии в госшколах есть предмет религия).

Но если религиозная организация угрожает безопасности и здоровью граждан, общества, государства, нарушает законы, то государство вправе наказывать такую организацию вплоть до лишения регистрации. Или террористические религиозные секты тоже будем легализовывать?!

"Пакет Яровой" это не отдельный закон, а ряд поправок в различные законодательные акты, регулирующие миссионерскую деятельность с целью возможности пресечения пропаганды экстремистских взглядов. Он никоко не запрещает. Но за нарушение законов суд может лишить преступные организации регистрации.

Запрещаются не религии, а секты.

В этом разделе подразумевается ответ по какой либо религии или мировоззрению.
Ну, так вот.
Сеть Сансары - это область известных и неизвестных законов.
Сеть Сансары - не плохая и нехорошая - она просто функция.
Огромное количество людей посвящает свою жизнь изучению Сети Сансары, а некоторые даже поддерживают ее в актуальном состоянии.
Жизнь по Ахимсе, ну или, например, по закону Моисея (частный случай Ахимсы) делает жизнь человека минимально подверженной влиянию со стороны Сети Сансары.
Бог - это Свет.
Так где есть Свет - там нет Тьмы.
Тьма - это просто отсутствие Света.
Тьмы - не существует.

вера в юридическое право - это похоже на религию

Правильно, если "религия" опасна или деструктивна.

Их бы все позапрещать, чтобы не было войн и общество не деградировало на религиозной почве превращаясь в стадо.

Если по справедливости, то не правильно.
Но по предсказаниям Иисуса, всё так и должно быть.
Иисус сказал, что как Его гнали, так будут гнать и Его последователей .
Время всё покажет, не сомневайтесь.

1.Церковь должна быть отделенной от государства, но когда первые лица государства крестятся и молятся определенным образом, эта религия узаконивается государством. - тогда как должны молиться первые лица государства. И это не узаконивает религию.

2."Закон Яровой" какие-то религии запрещает, а ведь это нарушение прав граждан на свободу вероисповедания? - по вашему не должны запрещать экстремистские и тому подобные секты?

Сейчас в школе очень плохо учат, Вам придется "доучиваться" самостоятельно.

1. Церковь действительно отделена от гос-ва. Это означает, что гос-ная и церковная власти не влияют друг на друга. А первые лица гос-ва являются еще и его гражданами, что позволяет им реализовать свое конституционное право на свободу вероисповедания. Далее, не какие-то "первые лица" или кто-бы то ни был, узаконили некие религии, а реально существующие общины, исповедующие то или иное мировоззрение, законным образом получают право. Или что, Путин является еще и мусульманином и иудаистом, что эти религии не запрещены?

2. Пакет Яровой накладывает ограничения на незарегистрированные, неформальные организации, что призвано уравнять в правах представителей всех религиозных организаций и общин, а не нарушить чьи-то права. Если организация реальна, и ей нечего скрывать, то нет никаких причин ее не регистрировать.